XTB.com Review
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Linux系统下安装xtb库
frank_haha 于 2021-06-16 20:12:在XTB进行交易 00 发布 216 收藏
几个小时前，我写了一篇安装conda的教程。
装完conda更困难的事情来了：安装xtb库。
长话短说，走通的安装路径就以下三句：
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http://www.ixpub.net/thread-747567-1-1.html在机器启动的过程中按F2，之后输入：linux askmethod vnc vncpassword=password回车启动，之后显示配置语言.
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目的 实现Caps和L_Ctrl交换 实现自定义功能键： R_Alt + H -> Left R_Alt + J -> Down R_Alt + K -> Up R_Alt + L -> Right R_Alt + 4 -> End R_Alt + 6 -> Home R_Alt + F ->.
在Linux中同时使用美国和捷克语键盘布局，而无需切换 恒定的键盘布局切换会影响您的工作效率。 它无疑阻碍了我的发展。 使用这种键盘布局，您可以忘记键盘切换，而让您的肌肉记忆来处理它。 捷克编码器布局的灵感来自Windows中的捷克程序员键盘布局，但有一个明显的不同：捷克编码器使您可以通过按下AltGr流畅地输入捷克语，而无需释放它！ 当您发布AltGr时，您将回到美国布局，这是编码的最佳选择。 这个怎么运作 基本布局为美国，因此所有符号均可用，并且所有键盘快捷键均按预期工作。 当您用右手按住AltGr时，布局将更改为捷克语（qwerty变体；尽可能少的重新排列）。 使用后，您将学会不自觉地按向右Alt键。 带重音符号的大写字母可与AltGr + Shift组合使用。 在AltGr + Shift + e下可以使用欧元符号。 劣势与妥协 在大多数键盘上，AltGr上右手拇指的位置在您手
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Linux发表于：2008年11月3日 20时59分11秒来源：权限: 公开阅读(5)评论(1) 举报本文链接：http://user.qzone.qq.com/383281743/blog/1225717151 LinuxLinux系统，自由的象征，至今已经有很多版本，根据自己的需要选择一种。 Linux是Unix克隆(Unix clone)或Unix风格
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X11 的 Lisp 机器键盘布局 背景 Emacs 用户经常报告由用于按下Control键的小指紧张引起的问题。 标准答案是将Caps Lock映射到Control 。 我相信有。 注意修饰符的位置： Control 、 Meta 、 Super 、 Hyper以这个顺序在Space两侧， Control最接近它。 触摸打字员尤其发现每个键中的两个绝对必不可少，对称放置对我很有吸引力。 另请注意现代键盘上Caps Lock所在的A旁边的Rubout键。 Rubout就像Backspace ，它比历史上最无用和最烦人的键更适合放在主排。 在X11下，以上是我对默认布局所做的修改。 我也将原来的 Backspace 键保留为 Backspace，但它也可以是Caps Lock ：两种方式我都不使用它。 如果您有一个狭窄的Space键，您可以将拇指放在两个Control键上，同时手指放在
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当我们谈论范德华力时，我们在谈论什么
范德华力定义的模糊是有历史原因的，因为它本身不是一个从底层理论推导出的力，而是从实验中发现归纳出的现象。范德华力最早被认为是由London等人研究稀有气体相互作用能时发现的（亦即现在所说的伦敦色散力），源自偶极间静电作用的二阶微扰（second-order perturbation theory applied to the electrostatic interaction between two dipoles）（ https://www. tandfonline.com/doi/abs /10.1080/00018736100101281 ），在远距离时按 R^ 比例衰减，其作用势为：
其中I代表原子第一电离能，α代表偶极的可极化度，R代表距离
其中前一项为L-J势，是用来模拟两个电中性的分子或原子间相互作用势能的一个比较简单的数学模型。L-J势从物理意义上讲，12次幂项可认为是对应于两体在近距离时以互相排斥为主的作用（交换互斥作用），6次幂项对应两体在远距离以互相吸引为主的作用（色散吸引），而此六次方项也的确可以使用以电子-原子核的电偶极矩摄动展开得到。后一项为静电作用项，原子电荷信息可以使用量子化学计算在RESP拟合得到，或者使用更粗略但快速的AM1-BCC电荷。
所使用的函数形式复杂度也远超过了一般的力场，如对于静电部分的描述，考虑了原子间静电作用及分子轨道各向异性静电作用项。具体而言是通过球形原子中心贡献 E_^ 项和源自Foster-Boys定域化GFN-xTB分子轨道的各向异性校正 E_^ 项的总和来处理，
其中指数1和2表示电子坐标。 对于大的分子间距离，该公式简化为仅采用Mulliken部分电荷的点电荷模型。 在短距离处，所谓的静电穿透效果会自动包含在内。
ASE-xtb 联用计算吸附构型、搜索过渡态
其中 Vibrations() 的参数 indices 是进行振动的原子序号，这里选择最后两个原子CO。运行以上代码之后，ASE 会将每个自由度的临时文件写在当前路径下（可以用 vib.clean() 清除老数据），因此注意不要在同一个路径下同时进行两个振动分析任务，否则各个 mode 的数据会有混淆，或者读写冲突报错。计算完了之后用 vib.summary() 输出各振动模式的信息，以及零点能（下面省略）：
每个构型的振动分析仅花费 单核串行 2 min，事 DFT 耗时的零头。上面的输出中，带有 i 字样的就是虚频，其中 atop 和 bridge 构型都有十几 cm-1 的虚频，表明他们还没有优化到势能面上的极小点。于是采取 fmax=0.005 对他们重新做几何优化。最后 bridge 和 atop 构型都收敛到了 hcp 和 fcc hollow 构型，最终结构如下：
跟文献 在XTB进行交易 [5] 里 RPBE 等级的结构参数对比一下：
| (GFN2-xTB/RPBE)Å | fcc Hollow *CO | hcp Hollow *CO |
|---|---|---|
| Cu-C | 2.033 / 2.044 | 2.038 / 2.055 |
| C-O | 1.142 / 1.183 | 1.142 / 1.183 |
体系 38 个原子，xtb 单核串行计算每个构型耗时 5~10 min，而 在XTB进行交易 VASP 八核并行计算每个构型耗时接近 1 h。两者的关键键长相差在 0.05 Å 以内，xtb 流弊！
再看看与 DFT 吸附能的对比（括号里是比最稳定构型高出的能量）：
| eV | fcc Hollow *CO | hcp Hollow *CO |
|---|---|---|
| Eads(RPBE) | -0.3877 (0) | -0.3767 (0.011) |
| Eads(GFN1-xTB) | -1.8630 (0) | -1.8508 (0.012) |
虽然 xtb 做几何优化与 DFT 旗鼓相当，但是这吸附能实在是太离谱，可以说是给用 xtb 算吸附能这种行为判了死刑。好消息是，xtb 能得到定性正确的吸附构型稳定性顺序，且构型之间的相对能量差得不太远（虽然在 meV 精度等级上这两位算是难兄难弟了）。
用 CI-NEB 在XTB进行交易 搜索 CO 在 Cu (111) 上迁移的过渡态
有限温下，把 CO 丢到表面上它会不会乖乖站好？接下来使用 Graeme 课题组开发的 CI-NEB（Climbing Image-Nudged Elastic Band） 方法 在XTB进行交易 [6] 搜索一下 CO 在 fcc 和 hcp 两种 hollow site 之间迁移的过渡态。首先读取刚才优化好的结构：
然后创建 NEB，设置 calculator，用 IDPP（Image Dependent Pair Potential） [7] 进行非线性插点（此法比线性插点的结构更合理）。由于之后要开启 CI，所以对于这种简单反应插一个点足矣（自行设置 nimg ）。优化器选择在结构初猜合适时收敛较快的 FIRE。跑完之后存在 cineb.traj 轨迹文件里。
同时也拿 RPBE-D3 对同样的过程算了一个 CINEB，对比一下两者找到的过渡态的关键键长：
| Å | Cu-C | C-O |
|---|---|---|
| Bond length (RPBE-D3) | 1.947 | 1.182 |
| Bond length (GFN1-xTB) | 1.981 | 1.137 |
很合理，再把两者的 reaction profile 叠加在一起看看：
xtb 在XTB进行交易 得到的能垒是 29.8 meV，RPBE 得到的是 26.8 meV，不到 在XTB进行交易 1 kcal/mol，表明 *CO 是可以在室温下沿着 Cu (111) 上 fcc-hcp-fcc 的路径 xjb 乱跑的，这也与事实&常识一致。虽然这只是很粗略的计算（far below publication level），但非常重合的 reaction profile 表明周期性 GFN1-xTB 确实能以接近普通泛函的精度来描述此过程的势能面。
Comment: 关于算吸附、算反应
由于分子在表面吸附的势能面较为平坦，而曲率小导致步长减小，使用常规的 fmax=0.02 未必足够让结构跑出鞍点附近的区域。如果将一个未收敛完全的鞍点（比如本文的 atop 和 bridge 构型）误认为势能面的极小点，插点拿去跑 CINEB，最后拿到 MEP 必然是一路上坡或者一路下坡；或者更莽的人直接插个点跑 DIMER，最后跑得妈都不认识。。
为了避免这种这种情况，你可以利用便宜的 xtb 对粗优化的结构进行迅速的振动分析，确定是极小点之后（无大虚频）再拿去算过渡态，否则就进行力收敛限较严格的几何优化；也可以用 xtb 迅速跑一个 CINEB，看看有没有 image 爬到极大点，没有的话就表示初末态中能量高的一方是鞍点。当然，这样做的前提是先对自己的体系测试一下，确定 xtb 起码能定性正确地描述势能面。